หากพูดถึงไขมันคงเป็นคำที่ห่างไกลจากกาแฟนี้อย่างแน่นอน แต่ความจริงแล้วไขมันเป็นองค์ประกอบหนึ่งที่มีบทบาทสำคัญในกาแฟ และทั้งสองมีความเกี่ยวข้องกันอย่างน่าสนใจ สำหรับไขมัน ในทางวิทยาศาสตร์จะเรียกว่าลิพิด (lipid) ซึ่งหมายถึงไขมัน (fat) และน้ำมัน (oil) ที่เกิดการรวมตัวกัน ซึ่งสารหลักๆในกลุ่มลิพิดจะประกอบด้วย ไตรอะซิลกลีเซอรอล (Triacylglycerol) สเตอรอล (sterol) โทโคฟีรอลคือวิตามินอี (tocopherol) โดยแต่ละสารจะมีคุณสมบัติเฉพาะตัวกันไป
ในลิพิดยังประกอบด้วยกรดไขมันไดเทอร์พีนที่จัดแบ่งประเภทได้ยาก จากการศึกษาองค์ประกอบ อาจพบกรดไขมันนี้ในปริมาณมากถึง20% ของลิพิดทั้งหมด ในกรดไขมันไดเทอร์พีนแบ่งได้ 2 ชนิดคือ คาเฟสทอล(cafetol) และคาห์วีโอล (kahweol) ซึ่งการใช้กระดาษกรองจะดักจับกรดไขมันสองชนิดนี้ได้ โดย
มีการพิสูจน์หนึ่งพบว่า กรดไขมันเหล่านี้จะช่วยลดผลของสารก่อมะเร็งบางชนิดได้ แต่ในขณะเดียวกันก็จะส่งผลให้คอเลสเตอรอลในเลือดมีปริมาณสูงขึ้น ดังนั้นผู้ที่เสี่ยงจะเป็นโรคเกี่ยวกับหลอดเลือดหัวใจควรหลีกเลี่ยงกาแฟที่ไม่ผ่านกระดาษกรอง หรือเลือกดื่มเฉพาะกาแฟที่ผ่านกระดาษกรองมาแล้ว สำหรับการลดปริมาณกรดไขมันจะมากหรือน้อยนั้นขึ้นอยู่กับวิธีการชง โดยเฉพาะการใช้กระดาษกรองที่ช่วยลดกรดไขมันได้ค่อนข้างมาก ซึ่งเห็นได้จากผลการศึกษาที่พบว่า การใช้กระดาษกรองเพื่อชงส่งผลให้มีลิพิดเพียง 7 มิลลิกรัมเท่านั้น แต่ในส่วนกาแฟที่ผ่านการต้มและแบบเอสเพรสโซ จะมีลิพิดอยู่ประมาณ60-160 มิลลิกรัมต่อแก้วขนาด 5 ออนซ์ แต่รสชาติกาแฟที่ผ่านกระดาษกรองก็จะต่างกับวิธีอื่นๆ
ที่สำคัญกรดไขมันจะเกิดการสลายตัวหากเก็บกาแฟในอุณหภูมิที่สูงเกินไป ซึ่งจะทำให้กลิ่นและรสของกาแฟผิดเพี่ยน หรือหมายความว่า กลิ่นรสกาแฟไม่น้อยได้อยู่ในกรดไขมันเหล่านี้ ดังนั้นการที่กาแฟอาราบิก้านั้นมีลิพิดสูงกว่าโรบัสต้าถึงเกือบสองเท่า จึงเป็นคำตอบที่ว่า ทำไมอาราบิก้าจึงเป็นกาแฟที่หอมกลมกล่อมมากกว่า
